Перформансе четири испитивања амплификације нуклеинске киселине за идентификацију САРС-ЦоВ-2 у Етиопији

Хвала вам на посети натуре.цом. Користите верзију прегледача са ограниченом ЦСС подршком. За најбоље искуство препоручујемо да користите ажурирани претраживач (или онемогућите режим компатибилности у Интернет Екплорер-у). Поред тога, да се обезбеди у току подршку, приказујемо сајт без стилова и ЈаваСцрипт-а.
Приказује вртиљак од три слајдова одједном. Користите претходне и следеће тастере да бисте се кретали кроз три слајдова истовремено или користите тастере клизача на крају да бисте се кретали кроз три слајдова истовремено.
Пошто је 2019. године болести коронавируса (цовид-19) избијање, многи тестови амплификације нуклеинске киселине (наатс) развијени су широм света и постали су стандардни тестови. Иако је неколико тестова брзо развијено и примењено на лабораторијске дијагностичке тестове, перформансе ових тестова није оцењено у различитим поставкама. Стога је ова студија усмјерена да процени перформансе Абботт Сарс-Цов-2, Даан Гене, БГИ и Сансуре Биотецх тестова користећи композитни референтни стандард (ЦРС). Студија је спроведена на Етиопском институту за јавно здравство (ЕФХИ) од 1 до 30. децембра 2020. 164 Насофарингеалне узорке су екстраховани коришћењем КИААМП РНА мини кит и система за припрему узорка Абботт ДНК. Од 164 примерка, 59,1% је било позитивно, а 40,9% је било негативно за ЦРС. Сансуре Биотецх позитивности је значајно ниско у поређењу са ЦРС-ом (п <0,05). Сансуре Биотецх позитивности је значајно ниско у поређењу са ЦРС-ом (п <0,05). Положительние результати Сансуре Биотецх били знательно ниже по сравнениу с ЦРС (п <0,05). Позитивни резултати тоалета Биотецх били су знатно нижи у поређењу са ЦРС (п <0,05).与 ЦРС 相比, Сансуре Биотецх 的阳性率显着较低 (п <0,05).与 ЦРС 相比, Сансуре Биотецх 的阳性率显着较低 (п <0,05). У Сансуре Биотецх било знательно меньше положительних резултата по сравнениу с ЦРС (п <0,05). Сансуре Биотецх имао је значајно мање позитивних резултата у поређењу са ЦРС-ом (п <0,05).Укупни споразум четири анализе износило је 96,3-100% у поређењу са ЦРС-ом. Поред ниске стопе позитивности усаглашеног биотехничког испитивања, перформансе четири испитивања било је скоро упоредиво. Као такав, товари се усаглашавају [истраживање само (РУО)], потребна је додатна валидација за његову употребу у Етиопији. Коначно, требало би узети у обзир додатна истраживања да процене испитивања са одговарајућим захтевима произвођача.
Лабораторијски тестирање је део Светске здравствене организације (ВХО) Стратешки план за коронавирус болест 2019 (Цоверид-19) спремности и одговора (СПРП). Ко саветује да земље морају да изграде лабораторијске способности да побољшају спремност, правилно управљање случајевима, будност и брзи одговор на јавне здравствене изазове. Ово сугерише да је улога лабораторија кључна за карактеризацију болести и епидемиологије у настајању инфективних агената и контрола њиховог ширења.
Дијагноза ЦовИД-19 захтева епидемиолошке и медицинске информације, личне симптоме / знакове и радиографске и лабораторијске податке2. Пошто је избијање савид-19 пријављен у Вухану, Кини, развијени су многе тестове амплике на нуклеинске киселине (наатс). Полимеразни ланчани реконструкцијски реконструкцијски реконструк (РРТ-ПЦР) коришћен је као рутинска и стандардна метода за лабораторијску дијагнозу озбиљног акутног респираторног синдрома 2 (САРС-ЦОВ-2) 3 инфекција. Молекуларна детекција САРС-Цов-2 обично се заснива на Н (нуклеокапсидном протеински ген), Е (гене за протеин) и РДРП (РНА зависна РНА Полимеразе гена) ГЕНИ у ОРФ1А / Б (Отворени оквир за читање 1а / б). Гене) Регион идентификовано из вирусног генома. Сматрају се главним очувним регионима који се налазе у вирусним геномима за препознавање вируса4. Међу тим генима, РДРП и Е гени имају високу аналитичку осетљивост откривања, док Н ген има ниску аналитичку осетљивост5.
Перформансе ПЦР тестова могу се разликовати у зависности од различитих фактора као што су: реагенси за екстракцију, реагенси за потврду, амицирање, метода екстракције, квалитет ПЦР машине и други инструменти. Од априла 2020. године, више од 48 различитих дијагностичких уређаја из девет земаља примило је ауторизацију хитне помоћи (ЕУА) за приказ са Цовеид-196. У Етиопији се више од 14 ПЦР платформи у реалном времену користи за откривање ПЦР-а САРС-ЦоВ-2 у 26 јавних здравствених установа, укључујући АБИ 7500, Абботт М2000, Роцхе 48000 и Куант-Студио7. Поред тога, доступно су разне ПЦР тестне сетове, као што су тест даан ген, абботт САРС-Цов-2 тест, топ за биотехнику и САРС-Цов-2 БГИ тест. Иако је РРТ-ПЦР веома осетљив, неки пацијенти са ЦовИД-19 пријављују лажне негативне резултате због недовољних примерака вирусне рибонуклеичке киселине (РНА) у узорцима због неправилног прикупљања, транспорт, складиштења и руковања и лабораторијског испитивања. Услови и акције особља8. Поред тога, узорка или контрола мисхалллинг, поставке праг циклуса (ЦТ) и унакрсна реактивност са другим патогеним нуклеиним киселинама или неактивним / заосталим САРС-Цов-Цов-2 РНА може довести до лажних позитивних резултата у тестовима РРТ-ПЦР9. Дакле, јасно је да ПЦР тестови заиста могу идентификовати носиоце фрагмената гена, јер чак не могу чак и да разликују заиста активне вирусне гене, тако да тестови могу само идентификовати само носаче и не пацијенте10. Стога је важно процијенити дијагностичке перформансе користећи стандардне методе у нашем окружењу. Иако су многи реагенси Наат доступни на Етиопском институту за јавно здравље (Ефиј) и широм земље, још увек није пријављена компаративна процена њихове ефикасности. Стога је ова студија усмерена да процени упоредне перформансе комерцијално доступних комплета за детекцију САРС-ЦОВ-2 РРТ-ПЦР користећи клиничке узорке.
У ову студију је укључено укупно 164 учесника са осумњиченим савид-19. Већина узорака била је из центара за лечење (118/164 = 72%), док су преостали 46 (28%) учесници били из центара за не-лечење. Међу учесницима који нису третирани у центру, 15 (9,1%) имао је клинички сумњиве случајеве и 31 (18,9%) имало је контакте потврђених случајева. Деведесет три (56,7%) учесника су били мушкарци, а средња (± СД) Старост учесника је била 31.10 (± 11,82) године.
У овој студији су утврђене позитивне и негативне стопе четири тестова за ЦовИД-19. Стога су позитивне стопе Абботт Сарс-Цов-2 теста, даан гене 2019-НЦОВ теста, САРС-Цов-2 БГИ тестови и суздржани тест БИОТЕЦХ 2019.-НЦОВ-а били су 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5%. Позитивни и негативни композитни референтни стандард (ЦРС) су 97 (59,1%) и 67 (40,9%), респективно (Табела 1). У овој студији, дефиниција ЦРС-а била је заснована на "било којем позитивном" правилу, при чему је од четири резултата испитивања, два или више резултата испитивања који су дали исти резултат сматрали истинским позитивним или негативним.
У овој студији нашли смо негативан процентни споразум (НПА) од 100% (95% ЦИ 94.6-100) за све анализе у поређењу са ЦРС-ом. Анализа биотехнологије точности је показала минималну АПА од 93,8% (95% ЦИ 87.2-97.1), а даан ген 2019-НЦОВ анализа је имала општи договор од 99,4% (95% ЦИ 96.6-99.9). Супротно томе, укупни споразум између САРС-Цов-2 БГИ теста и сузбијања усавршавања био је 98,8% и 96,3%, односно (Табела 2).
Цохенов каппа коефицијент споразума између ЦРС и Абботт Сарс-Цов-2 резултата испитивања је у потпуности доследан (К = 1,00). Слично томе, Цохенове вредности Каппа које су откриле Даан Гене 2019-НЦОВ, САРС-Цов-2 БГИ и Сансуре Биотецх 2019-НЦОВ-ови су такође у потпуности у складу са ЦРС (К ≥ 0,925). У овој компаријској анализи, Цхи-квадрат тест (МцНеМар Тест) показао је да су резултати Сансуре Биотецх 2019-НЦОВ-ови значајно различити од резултата ЦРС (п = 0,031) (Табела 2).
Као што је приказано на Сл.1 Проценат најниже ЦТ вредности (<20 цт) Абботт Сарс-Цов-2 теста (комбинована РДРП и Н Гене) је била 87,6%, а ОРФ1А / Б Гене ЦТ Вриједност веслање Биотецх 2019-НЦов АССАИ показао је да је проценат ниске ЦТ вредности (<20 ЦТ) био 50,3%, а висока ЦТ вредност (36-40 ЦТ) била је 3,2%. 1 Проценат најниже ЦТ вредности (<20 цт) Абботт Сарс-Цов-2 теста (комбинована РДРП и Н Гене) је била 87,6%, а ОРФ1А / Б Гене ЦТ Вриједност веслање Биотецх 2019-НЦов АССАИ показао је да је проценат ниске ЦТ вредности (<20 ЦТ) био 50,3%, а висока ЦТ вредност (36-40 ЦТ) била је 3,2%.Као што је приказано на Сл.1, проценат наименьшего значениа ЦТ (<20 цт) Анализа Абботт Сарс-Цов-2 (комбинированниј Ген РДРП и Н) Составил 87,6%, а значение ЦТ ГЕНА ОРФ1А / Б Анализа Сансуре Биотецх 2019-НЦОВ Показало что проценат ниского Значениа ЦТ (<20 цт) составлал 50,3%, а високое значение цт (36-40 цт) составлало 3,2%. 1, the percentage of the lowest Ct value (< 20 Ct) analysis of Abbott SARS-CoV-2 (combined gene RdRp and N) was 87.6%, and the Ct value of ORF1a/b gene analysis of Sansure Biotech 2019-nCoV showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) accounted for 50.3%, and high value Ct (36–40 Ct) accounted for 3,2%.如图 1 所示, Абботт Сарс-Цов-2 检测 (结合 РДРП 和 Н 基因) 的最低 ЦТ 值百分比 (<20 цт) 为 87,6%, Сансуре Биотецх 2019-НЦОВ 检测的 ОРФ1А / Б 基因 ЦТ 值显示低 ЦТ 值 (<20 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 的百分比为 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт) 值 (36-40 цт). Као што је приказано на слици 1, најнижа проценат ЦТ вредности (<20 цт) Абботт САРС-Цов-2 теста (комбинација РДРП и Н гена) је 87,6%, ОРФ1А / Б Гене ЦТ Вредност сансуре Биотецх 2019-НЦОВ-НЦОВ-НЦОВ-НЦОВ-НЦОВ-НЦОВ-ови је 50,3%, 高 ЦТ (36-40 ЦТ) 值 (36-40 цт) 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Абботт Сарс-Цов-2 (сочетаусиј гени РДРП и Н) Имел самое никое процентное значение ЦТ (<20 цт) в размере 87,6%, а значение ЦТ Гена орф1а / б в исследовании Сансуре Биотецх 2019- Анализ НЦОВ Показал низкиј цт. Као што је приказано на слици 1, Абботт Сарс-Цов-2 тест (комбиновање РДРП и Н гена) имао је најнижи проценат ЦТ вредност (<20 ЦТ) на 87,6%, док је ЦТ вредност гена ОРФ1А / Б Гене у Студију Сансуре Биотецх 2019. године - Анализа НЦОВ-а показала је ниски цт. Процент значениј (<20 цт) составил 50,3%, проценат високих знаниј цт (36-40 цт) составил 3,2%. Проценат вредности (<20 ЦТ) износио је 50,3%, а проценат високих ЦТ вредности (36-40 ЦТ) је био 3,2%.Тест Абботт Сарс-Цов-2 Б снимљени су вредности ЦТ изнад 30. С друге стране, на БГИ САРС-Цов-2 АССАИ ОРФ1А / Б ген је имао високу ЦТ вредност (> 36 цт) био је 4% (Сл. 1). С друге стране, на БГИ САРС-Цов-2 АССАИ ОРФ1А / Б ген је имао високу ЦТ вредност (> 36 цт) био је 4% (Сл. 1). С другој страни, в анализе БГИ САРС-ЦОВ-2 Ген Орф1а / Б Имел високое значение ЦТ (> 36 цт), проценат которого составлал 4% (Рис. 1). С друге стране, у анализи БГИ САРС-Цов-2 Гене ОРФ1А / Б је имао високу ЦТ вредност (> 36 цт), од којих је проценат био 4% (слика 1).另一方面, 在 БГИ САРС-Цов-2 检测中, орф1а / б 基因具有高 цт 值 (> 36 цт) 的百分比为 4% (图 1). С друге стране, у БГИ САРС-Цов-2 детекцији, проценат орф1а / б гена са високом ЦТ вриједношћу (> 36 цт) је 4% (слика 1). С другој страни, в анализе БГИ САРС-ЦОВ-2 проценат ГЕНОВ ОРФ1А / Б с високими значеники ЦТ (> 36 цт) составил 4% (Рис. 1). С друге стране, у БГИ САРС-Цов-2 анализи, проценат орф1а / б гена са високим ЦТ вредностима (> 36 цт) је 4% (Сл. 1).
У овој студији узели смо 164 назофарингеалне узорке. За све врсте испитивања, РНА изолација и појачање је извршена коришћењем метода и комплета које препоручује одговарајући произвођачи.
Ова студија је показала да Абботт тест за САРС-ЦОВ-2 има исте перформансе откривања као ЦРС, са 100% позитивним, негативним и општем уговором. Цохенов Каппа Споразум је 1.00, што указује на потпуни договор са ЦРС-ом. Слична студија Универзитета у Васхингтону у САД-у открила је да је укупна осетљивост и специфичност Абботт теста за САРС-Цов-2 била 93% и 100%, односно у поређењу са лабораторијским тестом (ЛДА) ЦДЦ-а. 11. Систем детекције Абботт Сарс-Цов-2 заснован је на истодобном комбинованом откривању гена Н и РДРП-а, јер су оба гена осетљивија, минимизирајући лажне негативце12. Студија у Бечу, Аустрија је такође показала да велики обим екстракције и запремине елуента за откривање разблажења умањивања ефеката разблаживања и повећане ефикасности детекције13. Стога, Абботт-ова савршена утакмица за САРС-Цов-2 тест може се повезати са системом детекције платформе који истовремено открива комбинаторне гене, екстрахова велики број узорака (0,5 мЛ) и користи велику количину елуента (40 уЛ).
Наши резултати су такође показали да су перформансе детекције генетских теста за детекцију готово исто као и ЦРС. То је у складу са студијом14 спроведено на Универзитету Анхуи у Хуаину, Кини и захтеву произвођача од 100% позитивног споразума. Упркос извјештајима о доследним резултатима, један узорак је био лажан негативан након што је поново поставио исти елуат, али је био позитиван у Абботт Сарс-Цов-2 и Сансуре Биотецх НЦОВ-2019 тестови. Ово сугерише да може постојати варијабилност у резултатима у различитим врстама испитивања. Ипак, у студији који се спроводи у Кини15, резултат је теста гена даан значајно различито (п <0,05) у поређењу са њиховим лабораторијским референтним тестом. Ипак, у студији који се спроводи у Кини15, резултат је теста гена даан значајно различито (п <0,05) у поређењу са њиховим лабораторијским референтним тестом. Тем не менее, в исследовании, проверенном в Китае15, результат анализа даан гене Значительно отличалса (п <0,05) от Их лабораторного еталонного анализа. Међутим, у студији у Кини15, резултат анализе Даан Гене био је значајно различит (п <0,05) из своје лабораторијске референтне анализе.然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (п <0,05).然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в исследовании, провјерено в Китае15, результати генетического теста Даан значительно отличались (п <0,05) по сравнениу с етолонним лабораторним тестом. Међутим, у студији у Кини15, резултати генетских теста Даан-а били су значајно различити (п <0,05) у поређењу са својим референтним лабораторијским тестом.Ова одступања може бити последица осетљивости референтног теста за откривање САРС-Цов-2, а даље студије могу бити важне за утврђивање узрока.
Поред тога, наша студија је оценила упоредне перформансе САРС-Цов-2 БГИ теста са ЦРС-ом, која показује одличан позитиван проценат споразума (ППА = 97,9%), негативан проценат споразума (НПА = 100%) и укупни процентни споразум по споразуму о пол (ОПА). ). = 98,8%). Кохенове вредности Каппа показале су добар договор (к = 0,975). Студије у Холандији16 и Цхина15 показали су доследне резултате. САРС-ЦОВ-2 БГИ тест је јединствени тест детекције гена (орф1а / б) користећи 10 ул појачало / детекцију. Упркос добром статистичком споразуму са нашим референтним резултатима, анализа је пропустила два позитивна узорака (1,22%) укупног узорка. Ово може имати огромне клиничке импликације на динамику преноса на нивоу пацијента и у заједници.
Још једна компаративна анализа укључена у ову студију била је Сансуре Биотецх НЦОВ-2019 РРТ-ПЦР (РУО) тест; Укупни проценат меча је био 96,3%. Снага сагласности је такође одређена кохеновом каппа вриједношћу, која је била 0,925, што је показало пуни договор са ЦРС-ом. Опет су наши резултати идентични студијама које су спроведене на Централном Јужној универзитету у Цхангсха, Кини, и на Клиничкој лабораторијском одељењу Лиузхоу Пеопове, Лиузхоу Цити, Цхина17. Иако је забележена горе наведена добра статистичка сагласност, ЦХИ-Скуаре тест (Мацнемар Тест) показао је да је резултат сасвим биотехничког испитивања имао статистички значајну разлику у поређењу са ЦРС (п <0,005). Иако је забележена горе наведена добра статистичка сагласност, ЦХИ-Скуаре тест (Мацнемар Тест) показао је да је резултат сасвим биотехничког испитивања имао статистички значајну разлику у поређењу са ЦРС (п <0,005). Немотра на то, что било зафиксировано указаное високо хорошее статистическое соответствие, критериј хи-квадрат (критериј макнемара) Показал, что результати анализа Сансуре Биотецх имеет Статистички значимое различие по сравнениу с ЦРС (п <0,005). Иако је забележен добар статистички споразум, Цхи-квадрат тест (МцНеМар Тест) показао је да је резултат веслачког испитивања биотехнике имао статистички значајну разлику у поређењу са ЦРС-ом (п <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性, 但卡方检验 (МацНемар 检验) 表明, Сансуре Биотецх 检测的结果与 ЦРС 相比具有统计学显着差异 (п <0,005).尽管 记录 上述 良好 统计 统计, 但 检验 ((мацнемар 检验 表明 ,, Сансуре Биотецх 检测 结果 与 ЦРС 相比 具有 具有 ((п <0,005 ...................)))) Немотра на отмеченное високо хорошее статистическое соответствие, критериј хи-квадрат (критериј макнемара) Показал Статистически значимуу разницу (п <0,005) Между Анализом Сансуре Биотецх и ЦРС. Упркос горе наведеном добру статистичком споразуму, Цхи-квадратни тест (МцНеМар тест) показао је статистички значајну разлику (п <0,005) између сасуреног биотехничког теста и ЦРС-а.Откривено је да су шест узорака (3,66%) лажни негативи у поређењу са ЦРС (додатни табели 1); Ово је веома важно, посебно с обзиром на динамику преношења вируса. Горњи подаци такође подржавају ову малу стопу детекције15.
У овој студији, ЦТ вредности су одређене за сваку тест и одговарајућу платформу, са најнижим средњим активностима ЦТ пријављена у Абботт Сарс-Цов-2 тесту. Овај резултат може бити повезан са Абботт-овим истовремено комбиновани систем генетских тестирања за откривање САРС-ЦОВ-2. Према томе, према слици 1, 87,6% Абботт Сарс-Цов-2 резултата је имало ЦТ вредности испод 20. Само мали број резултата узорака (12,4%) био је у распону од 20-30. ЦТ вредности изнад 30 нису снимљене. Поред Абботт-ове употребе САРС-Цов-2 панелског тестирског тестирања, овај резултат може бити повезан са нижом границом за откривање (32,5 РНА копија / мЛ) 18, што је три пута нижи од доње границе компаније од 100 РНА копија / мл. МЛ) 19.
Ова студија има одређена ограничења: Прво, немамо стандардне / референтне методе [као што су вирусни терет или други лабораторијски тестови (ЛДА)] због недостатка ресурса. Друго, сви узорци који се користе у овој студији били су назофарингеалне брисеве, док резултати нису применљиви на друге врсте узорка и трећи, наша величина узорка је била мала.
Ова студија је упоредила перформансе четири РРТ-ПЦР теста за САРС-ЦОВ-2 користећи назофарингеалне узорке. Све испитивања откривања имала су скоро упоредиве перформансе, осим усавршавања савезног биотехничког испитивања. Поред тога, ниска стопа позитивности идентификована је у сувама Сансуре Биотецх у поређењу са ЦРС-ом (п <0,05). Поред тога, ниска стопа позитивности идентификована је у сувама Сансуре Биотецх у поређењу са ЦРС-ом (п <0,05). Кроме того, в тесте Сансуре Биотецх бил виавлен нискаее процент положительних резултата по сравнениу с ЦРС (п <0,05). Поред тога, тост за биотехнику са сандусом показао је низак проценат позитивних резултата у поређењу са ЦРС (п <0,05).此外, 与 ЦРС 相比, Сансуре Биотецх 检测的阳性率较低 (п <0,05).此外, 与 ЦРС 相比, Сансуре Биотецх 检测的阳性率较低 (п <0,05). Кроме Того, Анализ Сансуре Биотецх Имел Более низкиј уровень положительних резултата по сравнениу с ЦРС (п <0,05). Поред тога, сасуфи биотецх тест имао је нижу стопу позитивности у поређењу са ЦРС (п <0,05).Сансуре Биотецх НЦОВ-2019 (РУО) Анализа АЈН, НПА и општи споразум премашила је 93,5% са кохеном каппском снагом вредности уговора од 0,925. Коначно, усаглашени биотехни тест (РУО) потребно је додатно валидација за употребу у Етиопији, а требало би узети у обзир додатна истраживања да процене потраживања појединих произвођача.
Упоредни дизајн студије спроведено је у четири здравствена установа у Адису Абаби, у болници ЕКА Котебе, Миленијум Цхурцх Лечилиште, Меморијал Болница Зевоодаиту и специјалистичка болница Ст. Петрова Туберцулосис Специјалистичка болница. Подаци су прикупљени између 1. и 31. децембра 2020. године. Медицински објекти за ову студију били су намјерно бирани на основу њиховог великог броја случајева и доступност главних центара за лечење у граду. Слично томе, инструменти, укључујући АБИ 7500 и АББОТТ М2000 ПЦР инструменте, бирани су у складу са препорукама Произвођача реагенса Наат, а за ову студију су изабране четири комплета за откривање ПЦР-а, јер је већина лабораторија у Етиопији користила најмање четири њих. Тест гена, Абботт Сарс-Цов-2 тест, топионичарски биотехнички тест и САРС-Цов-2 БГИ тест који се изводи током студије).
Испитивање за САРС-ЦОВ-2 изведено је од 1 до 30. децембра 2020. године користећи 3 мл вирусног транспортног медија (ВТМ) (Мирацлеан Тецхнологи, Схензхен, Кина) од појединаца под истрагом за Цовеид-19 упутило се на ЕФИ. Насофарингеалне узорке прикупљени су обученим сакупљачима узорка и послато у Ефију у троструким паковима. Пре изолације нуклеинске киселине, сваки узорак је додељен јединствени идентификациони број. Вађење се изводи из сваког узорка одмах по доласку помоћу ручних и аутоматских метода екстракције. Дакле, за аутоматско вађење Абботт М2000, 1.3 мл (укључујући 0,8 мл мртве запремине и запремину узорака) узорка је екстрахован из сваког узорка и прође кроз Абботт ДНК Припремни систем (Абботт Молецулар Инц. Дес Плаиес, ИЛ, УСА). ) Шаржа 96 [92 узорака, две контроле детекције и две контроле не-образаца (НТЦ)] укључена је у укупни процес (преузимање и откривање) два круга САРС-Цов-2 (ЕУА) у реалном времену. Рударство. Слично томе, за ручно вађење користите исте узорке (за аутоматско вађење и откриће). Тако је током целог целог процеса било аликволовљено и екстраховано коришћењем КИААМП Вирал РНА мини кит (Киаген ГмбХ, Хилден, Немачка) у серијама од 24 (укључујући 20 узорака, две контроле испитивања и два НТЦ-а) преко девет рунди. Ручно извучени елуати су постављени и откривени помоћу АБИ 7500 термичког циклина помоћу САРС-Цов-2 БГИ теста, даан гене теста и сасуреног биотехничког теста.
Аутоматизована изолација и пречишћавање САРС-Цов-2 Вирусна РНА прати принцип магнетног мека користећи абботт ДНК Припремни реагенси. Инактивација узорака и растворљивост вирусних честица врши се помоћу детерџента који садржи гванидин изотиоцијаната да би дејалирала протеина и инактивирану РНАзу. РНА је затим одвојена од протеина одвајањем чврстих фаза помоћу силика, тј. Гуанидинијум со и алкални пХ пуфера за лизу промовишу везивање нуклеинских киселина на силика (Си02). Корак за испирање уклања преостале протеине и крхотине да би се створило јасно решење. Транспарентна РНА је изолована од микрочестица на бази силицијума помоћу магнетног поља инструмента20,21. С друге стране, ручна изолација и пречишћавање РНА врши се методом Спин Цолумн користећи центрифугирање уместо магнетног постоља и одвајање микрочестица из елуента.
Сарс-Цов-2 Тест детекције у реалном времену у реалном времену (Абботт Молецулар, Инц.) Је изведен у складу са упутствима произвођача, која је добила ЕУА19,22 од ВХО и ФДА. У овом протоколу инактивација узорка пре екстракције извршена је у воденој купељи на 56 ° Ц током 30 мин. Након инактивације вируса, екстракција нуклеинске киселине извршена је на инструмента Абботт М2000 СП са 0,5 мл ВТМ-а помоћу Абботт М2000 ДНК Припрема припрема узорака. према произвођачу. Амплификација и откривање су извршени помоћу Абботт М2000 РТ-ПЦР инструмента, а двоструко детекција је извршена за РДРП и Н гене. РОКС) и ВИЦ П (Власнију боју) за циљање и откривање унутрашњих контрола, омогућавајући истовремено откривање оба средства за појачање 19.
Начин детекције појачања овог комплета заснован је на једностепеној РТ-ПЦР технологији. Орф1А / Б и Н гени изабрани су као очувани региони ДААН ТЕХНОЛОГИЈА ТЕХНОЛОГИЈА за откривање циљаног региона. Специфични прајмери ​​и флуоресцентне сонде (сонде гена означене са ФАМ, орф1а / б сонде са вицом) дизајниране су тако да открију САРС-ЦОВ-2 РНА у узорцима. Коначни елуент и мастер мешавине припремљени су додавањем 5 ул елуента до 20 ул мастер мешавине до коначне запремине од 25 уЛ. Амплификација и детекција извршено је истовремено на АБИ 750024 ПЦР инструменту у реалном времену.
Орф1а / б и н гени су откривени коришћењем бродских БИОТХ-2019 нуклеинских киселина дијагностичких комплета (флуоресцентно откривање ПЦР-а). Припремите специфичне сонде за сваки циљни ген одабиром ФАМ канала за регион ОРФ1А / Б и РОКС канал за Н Гене. На овај сет сета, елуент и мастер микс реагенси додају се на следећи начин: Припремите 30 ул Мастер Мик Реагенс и 20 ул Елуирани узорак за откривање / појачање. ПЦР АБИ 750025 коришћен је за појачање / детекцију у реалном времену АБИ 750025.
САРС-Цов-2 БГИ тест је флуоресцентно РРТ-ПЦР комплет за дијагнозу ЦовИД-19. Циљани регион налази се у региону ОРФ1А / Б са САРС-Цов-2 генома, што је јединствени метод детекције гена. Поред тога, људски ген за домаћинство β-Ацтин је интерно регулисан циљни ген. Главни микс је припремљен мешањем 20 ул мастер микса реагенса и 10 ул извученог РНА узора у бунарну плочу26. АБИ 7500 Флуоресцентни квантитативни ПЦР инструмент у реалном времену коришћен је за амплификацију и откривање. Сва појачања нуклеинске киселине, услови за ПЦР вођење за сваки тест и интерпретација резултата изведени су у складу са одговарајућим упутствима произвођача (Табела 3).
У овој компаративној анализи, нисмо користили референтни стандард метода да бисмо утврдили проценат споразума (позитивног, негативног и укупног) и других параметара упоређивања за четири анализе. Свако поређење испитивања је урађено са ЦРС-ом, у овој студији ЦРС је поставила правило "било који позитиван" и резултат је утврђен, а не једним тестом, користили смо најмање два подударне резултате испитивања. Поред тога, у случају преноса ЦовИД-19, лажни негативни резултати су опаснији од лажних позитивних резултата. Стога, рећи "позитивно" што је тачно могуће са резултата ЦРС-а, најмање два испитивања испитивања морају бити позитивна, што значи да ће вероватно доћи до најмање једног позитивног резултата из теста ЕУА. Дакле, од четири резултата испитивања, два или више резултата теста који дају исти резултат сматрају се истинитим позитивним или негативним1828.
Подаци су прикупљени коришћењем структурираних образаца за вађење података, унос и анализа података извршени су коришћењем Екцел Статистичког софтвера и СПСС верзије 23.0 за описна статистика. Анализирани су позитивни, негативни и укупни проценат споразума, а каппа је коришћена за утврђивање степена Сцорес оф сваке методе ЦРС. Вриједности Каппа се тумаче на следећи начин: 0,01 до 0,20 за благи споразум, 0,21 до 0,40 за општи договор, 0,41-0,60 за умерени споразум, 0.61.6.80 за главни договор и 0,81-0,99 за потпуни споразум и 0,81-0,99 за комплетан споразум28.
Етички клирант је добијен са Универзитета у Адису Абаби и сви експериментални протоколи за ову студију одобрили су одбор за преисписку етиопског завода за јавно здравство. Референтни број за лиценцу ЕПХИ Етицс је ЕФХИ / ИРБ-279-2020. Све методе су примењене у складу са препорукама и одредбама етиопске националне свеобухватне смернице за лечење Цоверид-19. Поред тога, добијено је писмено информисани пристанак свих учесника студија пре учешћа у студији.
Сви добијени подаци или анализирани у овој студији укључени су у овај објављени чланак. Подаци који подржавају резултате ове студије доступни су од одговарајућег аутора по разумном захтеву.
Светска здравствена организација. Препоруке за лабораторијске стратегије испитивања за савјетове-19: Привремени смерници, 21. марта 2020. Не. Ко / 2019-НЦОВ / ЛАБ_ТЕСТИНГ / 2020.1 (ВХО, 2020).
Моулиоу, ДС, Пантазопоулос, И. и Гоургоулианис, КИ Цовид-19 паметњачка дијагноза у одељењу за хитне случајеве: Алл-ин у пракси. Моулиоу, ДС, Пантазопоулос, И. и Гоургоулианис, КИ Цовид-19 паметњачка дијагноза у одељењу за хитне случајеве: Алл-ин у пракси.Мулиоу, ДС, Пантазопоулос, И. и Гургулианис, КИ Интелигентна дијагноза ЦовИД-19 у ванредном одељењу: све у пракси.Мулиоу ДС, Пантазопоулос И. и Гургулианис КИ Интелигентна дијагноза ЦовИД-19 у ванредним одељењима: крајња интеграција у пракси. Стручњак Веверинг Ресире. лек. 3, 263-272 (2022).
Митцхелл, Сл & Ст Георге, К. Евалуација ЦОВИД19 ИД-а сада ЕУА тест. Митцхелл, Сл & Ст Георге, К. Евалуација ЦОВИД19 ИД-а сада ЕУА тест.Митцхелл, СЛ и Ст. Георге, К. Евалуација ЦОВИД19 ИД-а сада ЕУА испитивања.Митцхелл СЛ и Ст. Георге К. Евалуација Цовид19 ИД-а сада ЕУА тест. Ј. Клинички. Вирус. 128, 104429. Хттпс: //дои.орг/10.1016/ј.јцв.2020.104429 (2020).
СЗО. Лабораторијска откривање коронавирусних болести 2019 (Цовид-19) у сумњивом људској болести. хттпс: //ввв.вхо.инт/публицатионс/и/итем/10665-331501 (приступљено 15. августа 2020.) (ВХО, 2020).
Удугама, Б. ет ал. Цовид-19 Дијагноза: болести и алати за тестирање. АЦС Нано 14 (4), 3822-3835 (2020).
Сиед С. ет ал. Успостављање колеџа патолога источне, централне и јужне Африке - Регионална школа патологије Блиског Истока и Јужне Африке. Африка. Ј. Лаб. лек. 9 (1), 1-8 (2020).
Етиопски институт за јавно здравље, Федерално министарство здравља. Привремена национална стратегија и смернице за лабораторијску дијагнозу ЦовИД-19. хттпс: //епхи.гов.ет/имагес/новел_цоронавирус/епхи_пхеоц_цовид-19_лаборатори_диагноси_енг.пдф (приступљено 12. августа 2020.) (Ефиј, 2020).
Волосхин, С., Пател, Н. и Кесселхеим, као лажни негативни тестови за САРС-Цов-2 изазове инфекције и импликације. Волосхин, С., Пател, Н. и Кесселхеим, као лажни негативни тестови за САРС-Цов-2 изазове инфекције и импликације.Волосхин С., Пател Н. и Кесселхеим као лажни негативни тестови за САРС-Цов-2 инфекције и њихове последице.Волосхин С., Пател Н. и Кесселхеим као негативни тестови за провокацију и утицај инфекције САРС-Цов-2. Н. Енг. Ј. Медицина. 383 (6), Е38 (2020).
МОУЛИОУ, ДС & ГОУРГОУЛИАНИС, КИ ФАЛСЕ-ПОЗИТИВНИ И ФАЛСЕ-НЕГАТОВНИ КВАЛИДИ-19 случајеви: респираторне стратегије превенције и управљања, вакцинација и даље перспективе. МОУЛИОУ, ДС & ГОУРГОУЛИАНИС, КИ ФАЛСЕ-ПОЗИТИВНИ И ФАЛСЕ-НЕГАТОВНИ КВАЛИДИ-19 случајеви: респираторне стратегије превенције и управљања, вакцинација и даље перспективе. Моулиоу, ДС & Гоургоулиасис, Ки Ложноположительние и ложноотрицательние Случаи Цовид-19: РесПраторнаа Профилактика и стратегии лечениа, вакцинациа и дальнејшие перспективи. Моулиоу, ДС & Гоургоулианис, КИ лажни позитивни и лажни негативни случајеви Цоверид-19: Стратегије превенције и лечења у дисајним превенцијама и лечењем, вакцинација и пут напред.Мулиу, ДС и Грургулианис, КИ фалсе-позитивни и лажни негативни случајеви ЦовИД-19: Стратегије за превенцију дисајде и лечење, вакцинација и пут напред. Стручњак Веверинг Ресире. лек. 15 (8), 993-1002 (2021).
Моулиоу, ДС, Иоаннис, П. и Константинос, Г. Цовид-19 дијагноза у одељењу за хитне случајеве: Виђење дрвета, али губитак шуме. Моулиоу, ДС, Иоаннис, П. и Константинос, Г. Цовид-19 дијагноза у одељењу за хитне случајеве: Виђење дрвета, али губитак шуме.Моулиоу, ДС, Иоаннис, П. и Константинос, Г. Цовид-19 дијагноза у одељењу за хитне случајеве: Видите дрво, изгубите шуму.МУЛИОУ ДС, ИОАННИС П. и Константинос Г. Цовид-19 дијагноза у хитним случајевима: Није довољно шума за дрвеће. Појављују се. лек. Ј. Хттпс: //дои.орг/10.1136/ермердед_2021-212219 (2022).
Дегли-Ангели, Е. ет ал. Валидација и валидација аналитичких и клиничких перформанси САРС-ЦоВ-2 Абботт Реалтиме Сарс-Цов-2. Ј. Клинички. Вирус. 129, 104474. Хттпс: //дои.орг/10.1016/ј.јцв.2020.104474 (2020).
Моллаеи, ХР, АФСХАР, АА, Калантар-Неиестанаки, Д., ФазлалиПоур, М. и афлатоониан, Б. Поређење пет темељац из различитих генома Цовид-19 за откривање вирусне инфекције конвенционалним РТ-ПЦР-ом. Моллаеи, ХР, АФСХАР, АА, Калантар-Неиестанаки, Д., ФазлалиПоур, М. & Афлатоониан, Б. Поређење пет темељних типова из различитих генска региона ЦовИД-19 за откривање вирусне инфекције конвенционалним РТ-ПЦР-ом.Моллаеи, ХР, АФСХАР, АА, Калантар-Неиестанаки, Д., Фазлалипор, М. и Афлатуниан, Б. Поређење пет сетова прајмера из различитих региона Цовид-19 Генома за откривање вирусне инфекције конвенционалним РТ-ПЦР-ом. Моллаеи, ХР, АФСХАР, АА, Калантар-Неиестанаки, Д., ФазлалиПоур, М. & Афлатоониан, Б. 比较来自 Цовид-19 不同基因组区域的五个引物组, 用于通过常规 РТ-ПЦР 检测病毒感染. Моллаеи, ХР, АФСХАР, АА, Калантар-Неиестанаки, Д., ФазлалиПоур, М. и Афлатоониан, Б. Поређење 5 различитих генетских региона ЦовИД-19 за откривање вирусне инфекције конвенционалним РТ-ПЦР-ом за откривање вирусне инфекције.Моллаеи ХР, Афсхар Аа, Калантар-Неиестанаки Д, Фазлалипоур М. и афлатуниан Б. Поређење пет сетова прајмера из различитих региона Цовид-19 Генома за откривање вирусне инфекције конвенционалним РТ-ПЦР-ом.Иран. Ј. Микробиологија. 12 (3), 185 (2020).
ГОЕЦГЕР, И. ЕТ АЛ. Прелиминарни резултати Националног програма за оцењивање спољног квалитета за откривање секвенца генома САРС-Цов-2. Ј. Клинички. Вирус. 129, 104537. Хттпс: //дои.орг/10.1016/ј.јцв.2020.104537 (2020).
Ванг, М. ет ал. Аналитичка процена ефикасности пет РТ-ПЦР комплета за тешки акутни респираторни синдром Цоронавирус 2. Ј. Клинички. Лабораторија. Анус. 35 (1), Е23643 (2021).
Ванг Б. ет ал. Евалуација седам комерцијално доступних сета за откривање РНА у Кини у Кини на основу ланчане реакције полимеразе у реалном времену (ПЦР). Клинички. Хемијска. Лабораторија. лек. 58 (9), Е149-Е153 (2020).
Ван Цастерен, ПБ и др. Поређење од седам комерцијалних РТ-ПЦР Цовеид-19 дијагностичких комплета. Ј. Клинички. Вирус. 128, 104412 (2020).
ЛУ, ИУ и др. Поређење дијагностичких перформанси два ПЦР комплета за откривање нуклеинских киселина САРС-Цов-2. Ј. Клинички. Лабораторија. Анус. 34 (10), Е23554 (2020).
Лефарт, ПР, итд. Упоредна студија платформи за испитивање амплике на нуклеинској амплицијској амплицијској киселини (Наат) показала су да је ИД сада перформансе значајно деградирана у зависности од врсте пацијента и узорака. Дијагноза. Микробиологија. Инфецт. Дисс. 99 (1), 115200 (2021).
Абботт молекул. АББОТТ САРС-Цов-2 Аналисисани пакет у реалном времену АББОТТ. хттпс: //ввв.молецулар.Абботт/ус/ен/продуцтс/инфецтионе-дисеасе/реалтиме-сарс-цов-2-ас. 1-12. (Од 10. августа 2020.) (2020).
Клеин, С. и др. САРС-ЦОВ-2 РНА изолација помоћу магнетних перлица за брзо откривање великог обима РТ-КПЦР и РТ-лампицом. Вирус 12 (8), 863 (2020).