中文网站
Хвала вам што сте посетили Nature.com. Користите верзију прегледача са ограниченом CSS подршком. За најбоље искуство, препоручујемо вам да користите ажурирани прегледач (или да онемогућите режим компатибилности у Internet Explorer-у). Поред тога, како бисмо осигурали континуирану подршку, приказујемо сајт без стилова и JavaScript-а.
Приказује вртешку од три слајда одједном. Користите дугмад Претходно и Следеће да бисте се кретали кроз три слајда истовремено или користите клизаче на крају да бисте се кретали кроз три слајда одједном.
Од избијања коронавирусне болести (COVID-19) 2019. године, широм света је развијено много комерцијалних тестова амплификације нуклеинских киселина (NAAT) који су постали стандардни тестови. Иако је неколико тестова брзо развијено и примењено у лабораторијским дијагностичким тестовима, њихове перформансе нису процењене у различитим условима. Стога је циљ ове студије био да се процени ефикасност Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI и Sansure Biotech тестова користећи композитни референтни стандард (CRS). Студија је спроведена у Етиопском институту за јавно здравље (EPHI) од 1. до 30. децембра 2020. године. 164 назофарингеална узорка су екстрахована коришћењем QIAamp RNA mini комплета и Abbott система за припрему узорака ДНК. Од 164 узорка, 59,1% је било позитивно, а 40,9% негативно на CRS. Позитивност Sansure Biotech теста била је значајно ниска у поређењу са CRS тестом (p < 0,05). Позитивност Sansure Biotech теста била је значајно ниска у поређењу са CRS тестом (p < 0,05). Положитьние результати Сансуре Биотецх били знатно ниже по сравнениу с ЦРС (п < 0,05). Позитивни резултати компаније Sansure Biotech били су значајно нижи у поређењу са CRS (p < 0,05).与ЦРС 相比，Сансуре Биотецх 的阳性率显着较低 (п < 0,05)与ЦРС 相比，Сансуре Биотецх 的阳性率显着较低 (п < 0,05) У Сансуре Биотецх било знатно мање позитивних резултата по сравњењу с ЦРС (п < 0,05). Сансур Биотех је имао значајно мање позитивних резултата у поређењу са ЦРС (p < 0,05).Укупна сагласност четири анализе била је 96,3–100% у поређењу са CRS. Поред ниске стопе позитивности Sansure Biotech теста, перформансе четири теста биле су готово упоредиве. Стога, Sansure Biotech [само за истраживање (RUO)] тест захтева додатну валидацију за његову употребу у Етиопији. Коначно, требало би размотрити додатна истраживања како би се проценили тестови са одговарајућим тврдњама произвођача.
Лабораторијско тестирање је део Стратешког плана Светске здравствене организације (СЗО) за припремљеност и одговор (SPRP) у вези са коронавирусном болешћу 2019 (COVID-19). СЗО саветује да земље треба да изграде лабораторијске капацитете како би побољшале припремљеност, правилно управљање случајевима, будност и брз одговор на изазове јавног здравља. Ово указује на то да је улога лабораторије кључна за карактеризацију болести и епидемиологије нових заразних агенаса и контролу њиховог ширења.
Дијагноза COVID-19 захтева епидемиолошке и медицинске информације, личне симптоме/знаке, као и радиографске и лабораторијске податке2. Од када је пријављена епидемија COVID-19 у Вухану, Кина, широм света је развијено много комерцијалних тестова амплификације нуклеинских киселина (NAATs). Реакция ланчане реакције реверзне транскрипције полимеразе у реалном времену (rRT-PCR) користи се као рутинска и стандардна метода за лабораторијску дијагнозу инфекције тешким акутним респираторним синдромом 2 (SARS-CoV-2)3. Молекуларна детекција SARS-CoV-2 се обично заснива на генима N (ген нуклеокапсидног протеина), E (ген протеина омотача) и RdRp (ген РНК-зависне РНК полимеразе) у ORF1a/b (ген отвореног оквира за читање 1a/b) региону идентификованом из вирусног генома. Сматрају се главним конзервираним регионима који се налазе у вирусним геномима за препознавање вируса4. Међу овим генима, гени RdRp и E имају високу аналитичку осетљивост детекције, док ген N има ниску аналитичку осетљивост5.
Перформансе ПЦР тестова могу варирати у зависности од различитих фактора као што су: реагенси за екстракцију, реагенси за амплификацију/детекцију, метода екстракције, квалитет ПЦР машине и других инструмената. Од априла 2020. године, више од 48 различитих дијагностичких уређаја из девет земаља добило је Овлашћење за хитну употребу (EUA) за дијагностику COVID-196. У Етиопији се више од 14 платформи за ПЦР у реалном времену користи за ПЦР детекцију SARS-CoV-2 у 26 јавних здравствених установа, укључујући ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 и Quant-studio7. Поред тога, доступни су различити ПЦР тест комплети, као што су Daan Gene тест, Abbott SARS-CoV-2 тест, Sansure Biotech тест и SARS-CoV-2 BGI тест. Иако је rRT-PCR веома осетљив, неки пацијенти са COVID-19 пријављују лажно негативне резултате због недовољних копија вирусне рибонуклеинске киселине (РНК) у узорцима услед неправилног прикупљања, транспорта, складиштења и руковања, као и лабораторијског тестирања, услови и радње особља8. Поред тога, погрешно руковање узорком или контролом, подешавање прага циклуса (Ct) и унакрсна реактивност са другим патогеним нуклеинским киселинама или неактивном/резидуалном РНК SARS-CoV-2 могу довести до лажно позитивних резултата у rRT-PCR9 тестовима. Стога је јасно да PCR тестови заиста могу идентификовати носиоце фрагмената гена, јер не могу чак ни да разликују заиста активне вирусне гене, тако да тестови могу идентификовати само носиоце, а не и пацијенте10. Стога је важно проценити дијагностичке перформансе коришћењем стандардних метода у нашем окружењу. Иако су многи NAAT реагенси доступни у Етиопском институту за јавно здравље (EPHI) и широм земље, још увек није објављена упоредна евалуација њихове ефикасности. Стога је циљ ове студије био да процени упоредне перформансе комерцијално доступних комплета за детекцију SARS-CoV-2 помоћу rRT-PCR коришћењем клиничких узорака.
Укупно 164 учесника са сумњом на COVID-19 је укључено у ову студију. Већина узорака је из центара за лечење (118/164 = 72%), док је преосталих 46 (28%) учесника било из центара који нису лечени. Међу учесницима који нису лечени у центру, 15 (9,1%) је имало клинички сумњиве случајеве, а 31 (18,9%) је имало контакте потврђених случајева. Деведесет три (56,7%) учесника су били мушког пола, а просечна (± SD) старост учесника је била 31,10 (± 11,82) година.
У овој студији, одређене су стопе позитивних и негативних резултата четири теста за COVID-19. Тако су стопе позитивних резултата Abbott SARS-CoV-2 теста, Daan Gene 2019-nCoV теста, SARS-CoV-2 BGI теста и Sansure Biotech 2019-nCoV теста биле 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5% респективно. Позитивни и негативни резултати композитног референтног стандарда (CRS) били су 97 (59,1%) и 67 (40,9%), респективно (Табела 1). У овој студији, дефиниција CRS-а заснивала се на правилу „било ког позитивног“, где су од четири резултата теста, два или више резултата теста који су дали исти резултат сматрани заиста позитивним или негативним.
У овој студији, пронашли смо негативно процентуално слагање (NPA) од 100% (95% CI 94,6–100) за све анализе у поређењу са CRS. Анализа Sansure Biotechnology показала је минимално PPA од 93,8% (95% CI 87,2-97,1), а анализа Daan Gene 2019-nCoV имала је укупно слагање од 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Насупрот томе, укупно слагање између SARS-CoV-2 BGI теста и Sansure Biotech 2019-nCoV теста било је 98,8% и 96,3%, респективно (Табела 2).
Коенов капа коефицијент слагања између резултата CRS и Abbott SARS-CoV-2 теста био је потпуно конзистентан (K = 1,00). Слично томе, Коенове капа вредности детектоване помоћу Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV су такође потпуно конзистентне са CRS (K ≥ 0,925). У овој упоредној анализи, хи-квадрат тест (McNemar тест) је показао да су резултати Sansure Biotech 2019-nCoV теста значајно различити од резултата CRS (p = 0,031) (Табела 2).
Као што је приказано на сл.1 проценат најниже вредности Ct (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 теста (комбиновани RdRp и N ген) био је 87,6%, а вредност Ct ORF1a/b гена Sansure Biotech 2019-nCoV теста показала је да је проценат ниске вредности Ct (< 20 Ct) био 50,3%, а високе вредности Ct (36–40 Ct) 3,2%. 1 проценат најниже вредности Ct (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 теста (комбиновани RdRp и N ген) био је 87,6%, а вредност Ct ORF1a/b гена Sansure Biotech 2019-nCoV теста показала је да је проценат ниске вредности Ct (< 20 Ct) био 50,3%, а високе вредности Ct (36–40 Ct) 3,2%.Као што је приказано на сл.1, процент наименьшего значениа Цт (< 20 Цт) анализа Абботт САРС-ЦоВ-2 (комбиновани ген РдРп и Н) износила је 87,6%, а вредност Цт гена ОРФ1а/б анализа Сансуре Биотецх 2019-нЦоВ показала је процент ниских вредности Цт (< 20 Цт високо, состав 3 %, 50 Цт) (36–40 Цт) составлало 3,2%. 1, проценат најниже вредности Ct (< 20 Ct) анализе Abbott SARS-CoV-2 (комбиновани ген RdRp и N) био је 87,6%, а анализа вредности Ct ORF1a/b гена Sansure Biotech 2019-nCoV показала је да је проценат ниске вредности Ct (< 20 Ct) чинио 50,3%, а високе вредности Ct (36–40 Ct) 3,2%.如图1 所示，Абботт САРС-ЦоВ-2 检测(结合РдРп 和Н 基因）的最低Цт 值百分比уре)（< 20 Цт Биотецх（< 20 Цт. 2019-нЦоВ 检测的ОРФ1а/б 基因Цт 值显示低Цт 值(< 20 Цт) 的百分比为50,3%, 高Цт 值(36)的百分比为3,2%. Као што је приказано на слици 1, најнижи проценат вредности Ct (< 20 Ct) теста Abbott SARS-CoV-2 (комбинација RdRp и N гена) је 87,6%, вредност Ct гена ORF1a/b теста Sansure Biotech 2019-nCoV показује низак проценат Ct (< 20 Ct) од 50,3%, а проценат 高Ct (36–40 Ct) од 3,2%. Показано на рисунке 1, анализа Абботт САРС-ЦоВ-2 (сочетаусиј ген РдРп и Н) има само ниско процентуално вредност Цт (< 20 Цт) у размери 87,6%, а вредност Цт гена ОРФ1а/б у истраживањима Сансуре Биотецх 2019- Анализа нЦоВ показала низкиј Цт. Као што је приказано на слици 1, Abbott SARS-CoV-2 тест (комбиновањем гена RdRp и N) имао је најнижи процентуални Ct вредност (< 20 Ct) од 87,6%, док је Ct вредност ORF1a/b гена у студији Sansure Biotech 2019 – Анализа nCoV показала је низак Ct. Процент значења (< 20 Цт) је износио 50,3%, а процент високих вредности Цт (36–40 Цт) је износио 3,2%. Проценат вредности (< 20 Ct) био је 50,3%, а проценат високих вредности Ct (36–40 Ct) био је 3,2%.Аботов SARS-CoV-2 B тест је забележио вредности Ct изнад 30. С друге стране, на BGI SARS-CoV-2 тесту, ген ORF1a/b је имао високу Ct вредност (> 36 Ct), проценат је био 4% (Слика 1). С друге стране, на BGI SARS-CoV-2 тесту, ген ORF1a/b је имао високу Ct вредност (> 36 Ct), проценат је био 4% (Слика 1). С друге стране, в анализи БГИ САРС-ЦоВ-2 ген ОРФ1а/б имел високое значение Цт (> 36 Цт), процент которого составлал 4% (рис. 1). С друге стране, у анализи BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b је имао високу Ct вредност (> 36 Ct), чији је проценат био 4% (Слика 1).另一方面，在БГИ САРС-ЦоВ-2 检测中，ОРФ1а/б 基因具有高Цт 值（> 36 Цт）的百分%比三、 С друге стране, код детекције SARS-CoV-2 помоћу BGI, проценат ORF1a/b гена са високом Ct вредношћу (>36 Ct) је 4% (Слика 1). С друге стране, в анализи БГИ САРС-ЦоВ-2 процента генов ОРФ1а/б с високим значењима Цт (>36 Цт) је износила 4% (рис. 1). С друге стране, у BGI SARS-CoV-2 анализи, проценат ORF1a/b гена са високим Ct вредностима (>36 Ct) био је 4% (Слика 1).
У овој студији, узели смо 164 узорка из назофаринкса. За све врсте тестова, изолација и амплификација РНК је извршена коришћењем метода и комплета које препоручују одговарајући произвођачи.
Ова студија је показала да Аботов тест за SARS-CoV-2 има исте перформансе детекције као CRS, са 100% позитивних, негативних и укупних подударности. Коенова капа подударност је 1,00, што указује на потпуно подударање са CRS. Слична студија Универзитета у Вашингтону у САД открила је да је укупна осетљивост и специфичност Аботовог теста за SARS-CoV-2 била 93% и 100%, респективно, у поређењу са лабораторијски одређеним тестом (LDA) CDC-а. 11. Аботов систем за детекцију SARS-CoV-2 заснива се на истовременој комбинованој детекцији гена N и RdRp, јер су оба гена осетљивија, минимизирајући лажно негативне резултате12. Студија у Бечу, Аустрија, такође је показала да велике запремине узорка за екстракцију и запремине елуенса за детекцију минимизирају ефекте разблаживања и повећавају ефикасност детекције13. Дакле, Аботово савршено подударање за SARS-CoV-2 тест може се повезати са системом за детекцију платформе који истовремено детектује комбинаторне гене, екстрахује велики број узорака (0,5 мл) и користи велику количину елуента (40 µл).
Наши резултати су такође показали да је детекција Даан генетског теста била готово иста као и код CRS-а. Ово је у складу са студијом14 спроведеном на Универзитету Анхуи у Хуаинану, Кина, и тврдњом произвођача о 100% позитивном слагању. Упркос извештајима о доследним резултатима, један узорак је био лажно негативан након поновног тестирања истог елуата, али је био позитиван у тестовима Abbott SARS-CoV-2 и Sansure Biotech nCoV-2019. Ово указује на то да може постојати варијабилност у резултатима између различитих врста тестова. Ипак, у студији спроведеној у Кини15, резултат Даан генског теста био је значајно другачији (p < 0,05) у поређењу са њиховим лабораторијски дефинисаним референтним тестом. Ипак, у студији спроведеној у Кини15, резултат Даан генског теста био је значајно другачији (p < 0,05) у поређењу са њиховим лабораторијски дефинисаним референтним тестом. Тем не менее, в исследовании, спроведеном в Китае15, резултат анализе Даан Гене знатно отличалса (п < 0,05) от их лабораторијского еталонного анализе. Међутим, у студији спроведеној у Кини15, резултат анализе компаније Daan Gene значајно се разликовао (p < 0,05) од њихове референтне лабораторијске анализе.然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（п < 0,05).然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Међутим, в исследовании, проведеном в Китае15, результати генетического теста Даан знатно отличались (п < 0,05) по сравнениу с его еталонним лабораторијским тестом. Међутим, у студији спроведеној у Кини15, резултати Даановог генетског теста били су значајно различити (p < 0,05) у поређењу са тестом из референтне лабораторије.Ова неслагања могу бити последица осетљивости референтног теста за откривање SARS-CoV-2, а даља истраживања могу бити важна за утврђивање узрока.
Поред тога, наша студија је проценила упоредне перформансе SARS-CoV-2 BGI теста са CRS, показујући одличан позитивни процентуални проценат слагања (PPA = 97,9%), негативни процентуални проценат слагања (NPA = 100%) и укупни процентуални проценат слагања по полу (OPA). = 98,8%). Коенове Капа вредности показале су добро слагање (K = 0,975). Студије у Холандији16 и Кини15 показале су конзистентне резултате. SARS-CoV-2 BGI тест је тест за детекцију једног гена (ORF1a/b) који користи 10 µl елуата за амплификацију/детекцију. Упркос добром статистичком слагању са нашим референтним резултатима, анализа је пропустила два позитивна узорка (1,22%) од укупног узорка. Ово може имати огромне клиничке импликације на динамику преноса и на нивоу пацијента и на нивоу заједнице.
Још једна упоредна анализа укључена у ову студију био је Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) тест; укупни проценат подударања био је 96,3%. Јачина слагања је такође одређена Коеновом Капа вредношћу, која је износила 0,925, што указује на потпуно слагање са CRS-ом. Поново, наши резултати су идентични студијама спроведеним на Централном јужном универзитету у Чангши, Кина, и на Одељењу клиничке лабораторије Народне болнице Лиуџоу, град Лиуџоу, Кина17. Иако је забележена горе наведена добра статистичка подударност, хи-квадрат тест (МакНемаров тест) је показао да је резултат Sansure Biotech теста имао статистички значајну разлику у поређењу са CRS (p < 0,005). Иако је забележена горе наведена добра статистичка подударност, хи-квадрат тест (МакНемаров тест) је показао да је резултат Sansure Biotech теста имао статистички значајну разлику у поређењу са CRS (p < 0,005). Без обзира на то, что било зафиксировано указано више доброе статистическое соответствие, критеријум хи-квадрата (критериј Макнемара) показао, что резултат анализе Сансуре Биотецх има статистички значајное разлике по сравњењу с ЦРС (п < 0,005). Иако је забележено добро статистичко слагање изнад, хи-квадрат тест (МакНемаров тест) је показао да резултат Sansure Biotech теста има статистички значајну разлику у поређењу са CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验 (МацНемар 检验)）表明, ЦР, Сансуре Биотецх相比具有统计学显着差异 (п < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（мацнемар 检验 表明 ， ， санс биотецх与 црс 相比 具有 显着 （(п <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 Не все на отмеченное више хорошее статистическое соответствие, критеријум хи-квадрата (критериј Макнемара) показао статистически значајну разницу (п < 0,005) између анализе Сансуре Биотецх и ЦРС. Упркос доброј статистичкој сагласности наведеној горе, хи-квадрат тест (МакНемаров тест) показао је статистички значајну разлику (p < 0,005) између Sansure Biotech теста и CRS-а.Шест узорака (3,66%) је утврђено као лажно негативни у поређењу са CRS (Додатна табела 1); ово је веома важно, посебно имајући у виду динамику преноса вируса. Горе наведени подаци такође подржавају ову ниску стопу детекције15.
У овој студији, вредности Ct су одређене за сваки тест и одговарајућу платформу, са најнижом средњом вредношћу Ct пријављеном у Abbott SARS-CoV-2 тесту. Овај резултат може бити повезан са Abbott-овим системом за симултано комбиновано генетско тестирање за детекцију SARS-CoV-2. Стога, према слици 1, 87,6% резултата Abbott SARS-CoV-2 имало је вредности Ct испод 20. Само мали број резултата узорака (12,4%) био је у опсегу 20-30. Вредности Ct изнад 30 нису забележене. Поред тога што је Abbott користио формат генетског тестирања панела SARS-CoV-2, овај резултат може бити повезан са доњом границом детекције (32,5 РНК копија/мл)18, што је три пута ниже од доње границе компаније од 100 РНК копија/мл (мл)19.
Ова студија има нека ограничења: прво, немамо стандардне/референтне методе [као што су вирусно оптерећење или други лабораторијски тестови (LDA)] због недостатка ресурса. Друго, сви узорци коришћени у овој студији били су брисеви назофаринкса, док резултати нису били применљиви на друге врсте узорака, и треће, величина нашег узорка је била мала.
Ова студија је упоредила перформансе четири rRT-PCR теста за SARS-CoV-2 користећи назофарингеалне узорке. Сви тестови за детекцију имали су готово упоредиве перформансе, са изузетком Sansure Biotech теста. Поред тога, ниска стопа позитивности је утврђена у Sansure Biotech тесту у поређењу са CRS (p < 0,05). Поред тога, ниска стопа позитивности је утврђена у Sansure Biotech тесту у поређењу са CRS (p < 0,05). Осим тога, у тесту Сансуре Биотецх био је показао низки процент позитивних резултата по сравњењу са ЦРС (п < 0,05). Поред тога, Sansure Biotech тест је показао низак проценат позитивних резултата у поређењу са CRS (p < 0,05).此外, 与ЦРС 相比, Сансуре Биотецх 检测的阳性率较低(п < 0,05).此外, 与ЦРС 相比, Сансуре Биотецх 检测的阳性率较低(п < 0,05). Осим тога, анализа Сансуре Биотецх има более низкиј уровень позитивних резултата по сравњењу са ЦРС (п < 0,05). Поред тога, Sansure Biotech тест је имао нижу стопу позитивности у поређењу са CRS (p < 0,05).Анализа PPA, NPA и укупне сагласности коју је спровео Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) премашила је 93,5% са вредношћу Cohen Kappa јачине сагласности од 0,925. Коначно, Sansure Biotech тест (RUO) захтева даљу валидацију за употребу у Етиопији, а требало би размотрити и додатна истраживања како би се проценили захтеви појединачних произвођача.
Компаративна студија је спроведена у четири здравствене установе у Адис Абеби, болници Ека Котебе, Центру за лечење Миленијумске цркве, Меморијалној болници Зевудиту и Специјалистичкој болници за туберкулозу Светог Петра. Подаци су прикупљени између 1. и 31. децембра 2020. године. Медицинске установе за ову студију су намерно одабране на основу великог броја случајева и доступности главних центара за лечење у граду. Слично томе, инструменти, укључујући инструменте за ПЦР у реалном времену ABI 7500 и Abbott m2000, одабрани су према препорукама произвођача NAAT реагенса, а за ову студију су одабрана четири комплета за ПЦР детекцију, јер је већина лабораторија у Етиопији користила најмање четири од њих. Генски тест, Abbott SARS-CoV-2 тест, Sansure Biotech тест и SARS-CoV-2 BGI тест (извршени током студије).
Тестирање на SARS-CoV-2 спроведено је од 1. до 30. децембра 2020. године коришћењем 3 мл вирусног транспортног медијума (VTM) (Miraclean Technology, Шенжен, Кина) од особа које су под истрагом на COVID-19, а упућене су у EPHI. Узорке назофаринкса прикупили су обучени сакупљачи узорака и послали су у EPHI у троструким паковањима. Пре изолације нуклеинских киселина, сваком узорку је додељен јединствени идентификациони број. Екстракција се врши из сваког узорка одмах по пристизању коришћењем ручних и аутоматских метода екстракције. Дакле, за аутоматску екстракцију Abbott m2000, 1,3 мл (укључујући 0,8 мл мртве запремине и 0,5 мл запремине улаза за екстракцију) узорка је екстраховано из сваког узорка и пропуштено кроз Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, САД). ) Серија од 96 [92 узорка, две контроле за детекцију и две контроле без шаблона (NTC)] је укључена у целокупни процес (преузимање и детекција) два круга SARS-CoV-2 (EUA) у реалном времену. рударење. Слично томе, за ручну екстракцију, користите исте узорке (за аутоматску екстракцију и откривање). Дакле, током целог процеса, 140 µl узорака је аликвотирано и екстраховано коришћењем QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Хилден, Немачка) у серијама од 24 (укључујући 20 узорака, две контроле теста и две NTC) током девет рунди. Ручно екстраховани елуати су амплификовани и детектовани коришћењем ABI 7500 термоциклера користећи SARS-CoV-2 BGI тест, Daan Gene тест и Sansure Biotech тест.
Аутоматизована изолација и пречишћавање вирусне РНК SARS-CoV-2 прати принцип магнетних перли користећи Абот реагенсе за припрему узорака ДНК. Инактивација узорака и солубилизација вирусних честица врши се помоћу детерџента који садржи гванидин изотиоцијанат да би се денатурисао протеин и инактивирала РНКаза. РНК се затим одваја од протеина сепарацијом на чврстој фази помоћу силицијум диоксида, тј. гванидинијумска со и алкални pH пуфера за лизу подстичу везивање нуклеинских киселина за силицијум диоксид (SiO2). Корак испирања уклања преостале протеине и остатке да би се добио бистри раствор. Транспарентна РНК се изолује из микрочестица на бази силицијум диоксида коришћењем магнетног поља инструмента20,21. С друге стране, ручна изолација и пречишћавање РНК се врши методом спин колоне коришћењем центрифугирања уместо магнетног сталака и одвајањем микрочестица од елуента.
Аботов тест за детекцију SARS-CoV-2 у реалном времену (Abbott Molecular, Inc.) спроведен је према упутствима произвођача, који је добио EUA19,22 од СЗО и ФДА. У овом протоколу, инактивација узорка пре екстракције извршена је у воденом купатилу на 56 °C током 30 минута. Након инактивације вируса, екстракција нуклеинских киселина извршена је на Abbott m2000 SP инструменту из 0,5 ml VTM користећи Abbott m2000 систем за припрему ДНК узорака, према упутствима произвођача. Амплификација и детекција су извршене помоћу Abbott m2000 RT-PCR инструмента, а двострука детекција је извршена за RdRp и N гене. ROX) и VIC P (патентирана боја) за циљање и детекцију интерних контрола, омогућавајући истовремену детекцију оба производа амплификације 19.
Метода детекције амплификације овог комплета заснована је на једностепеној RT-PCR технологији. Гени ORF1a/b и N су одабрани као конзервирани региони помоћу компаније Daan Gene Technology за детекцију амплификације циљног региона. Специфични прајмери и флуоресцентне сонде (N генске сонде обележене са FAM, ORF1a/b сонде обележене са VIC) су дизајнирани за детекцију SARS-CoV-2 РНК у узорцима. Коначни елуент и мастер микс су припремљени додавањем 5 µl елуента у 20 µl мастер микса до коначне запремине од 25 µl. Амплификација и детекција су извршене истовремено на ABI 750024 инструменту за PCR у реалном времену.
ORF1a/b и N гени су детектовани коришћењем Sansure Biotech nCoV-2019 дијагностичког комплета за нуклеинске киселине (флуоресцентна PCR детекција). Припремите специфичне сонде за сваки циљни ген одабиром FAM канала за ORF1a/b регион и ROX канала за N ген. У овај комплет за анализу, елуент и мастер микс реагенси се додају на следећи начин: припремите 30 µl мастер микса реагенса и 20 µl елуираног узорка за детекцију/амплификацију. За амплификацију/детекцију је коришћена PCR у реалном времену ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI тест је флуоресцентни комплет за rRT-PCR у реалном времену за дијагнозу COVID-19. Циљни регион се налази у ORF1a/b региону генома SARS-CoV-2, што је метода детекције једног гена. Поред тога, људски кућни ген β-актин је интерно регулисани циљни ген. Мастер микс се припрема мешањем 20 µl реагенса мастер микса и 10 µl екстрахованог узорка РНК у плочи са бунарима26. За амплификацију и детекцију коришћен је ABI 7500 флуоресцентни квантитативни инструмент за PCR у реалном времену. Сва амплификација нуклеинских киселина, услови PCR извођења за сваки тест и интерпретација резултата извршени су према упутствима одговарајућег произвођача (Табела 3).
У овој упоредној анализи, нисмо користили метод референтног стандарда за одређивање процента слагања (позитивно, негативно и укупно) и других параметара поређења за четири анализе. Свако поређење теста је урађено са CRS-ом, у овој студији CRS је постављен правилом „било који позитиван“ и резултат је одређен, а не једним тестом, користили смо најмање два упарена резултата теста. Поред тога, у случају преноса COVID-19, лажно негативни резултати су опаснији од лажно позитивних резултата. Стога, да би се што прецизније рекло „позитивно“ из резултата CRS-а, најмање два теста морају бити позитивна, што значи да је вероватно да ће најмање један позитиван резултат потицати из EUA теста. Дакле, од четири резултата теста, два или више резултата теста који дају исти резултат сматрају се заиста позитивним или негативним18,27.
Подаци су прикупљени коришћењем структурираних образаца за екстракцију података, унос података и анализа су обављени коришћењем статистичког софтвера Excel и SPSS верзије 23.0 за дескриптивну статистику. Анализирани су позитивни, негативни и укупни процентуални проценат слагања, а Капа скор је коришћен за одређивање степена слагања сваке методе са CRS-ом. Капа вредности се тумаче на следећи начин: 0,01 до 0,20 за благо слагање, 0,21 до 0,40 за опште слагање, 0,41-0,60 за умерено слагање, 0,61-0,80 за велико слагање и 0,81-0,99 за потпуно слагање28.
Етичко одобрење је добијено од Универзитета у Адис Абеби, а све експерименталне протоколе за ову студију одобрио је Одбор за научну етику Института за јавно здравље Етиопије. Референтни број за етичку лиценцу ЕПХИ је ЕПХИ/ИРБ-279-2020. Све методе су примењене у складу са препорукама и одредбама Етиопских националних свеобухватних смерница за лечење COVID-19. Поред тога, писани информисани пристанак је добијен од свих учесника студије пре учешћа у студији.
Сви подаци добијени или анализирани у овој студији укључени су у овај објављени чланак. Подаци који поткрепљују резултате ове студије доступни су од одговарајућег аутора на разуман захтев.
Светска здравствена организација. Препоруке за стратегије лабораторијског тестирања за COVID-19: Привремене смернице, 21. март 2020. бр. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Паметна дијагноза COVID-19 у одељењу хитне помоћи: Свеобухватно у пракси. Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Паметна дијагноза COVID-19 у одељењу хитне помоћи: Свеобухватно у пракси.Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Интелигентна дијагноза COVID-19 у одељењу хитне помоћи: све у пракси.Мулиу Д.С., Пантазопулос И. и Гургулјанис К.И. Интелигентна дијагноза COVID-19 у одељењима хитне помоћи: интеграција од почетка до краја у пракси. Експерт Реверенд Респире. медицина. 3, 263–272 (2022).
Мичел, СЛ и Ст. Џорџ, К. Евалуација COVID19 ID NOW EUA теста. Мичел, СЛ и Ст. Џорџ, К. Евалуација COVID19 ID NOW EUA теста.Мичел, СЛ и Сент Џорџ, К. Евалуација COVID19 ID NOW EUA теста.Мичел СЛ и Сент Џорџ К. Евалуација COVID19 ID NOW EUA теста. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СЗО. Лабораторијска детекција коронавирусне болести 2019 (COVID-19) код људи за које се сумња да су оболели. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (приступљено 15. августа 2020) (СЗО, 2020).
Удугама, Б. и др. Дијагноза COVID-19: Болести и алати за тестирање. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Сајед С. и др. Оснивање Колеџа патолога источне, централне и јужне Африке – Регионална школа за патологију Блиског истока и Јужне Африке. Африка. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Етиопски институт за јавно здравље, Савезно министарство здравља. Привремена национална стратегија и смернице за лабораторијску дијагностику COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (приступљено 12. августа 2020) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхајм, АС Лажно негативни тестови на изазове и импликације инфекције SARS-CoV-2. Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхајм, АС Лажно негативни тестови на изазове и импликације инфекције SARS-CoV-2.Волошин С., Пател Н. и Кеселхајм АС Лажно негативни тестови за инфекције SARS-CoV-2 и њихове последице.Волошин С., Пател Н. и Кеселхајм А.С. Лажно негативни тестови за провокацију и утицај инфекције SARS-CoV-2. Н. енг. Ј. Медицина. 383(6), е38 (2020).
Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случајеви COVID-19: стратегије респираторне превенције и лечења, вакцинација и даље перспективе. Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случајеви COVID-19: стратегије респираторне превенције и лечења, вакцинација и даље перспективе. Моулиоу, ДС & Гоургоулианис, КИ Ложнопозитивние и ложноотрицательние случаи ЦОВИД-19: респираторна профилакса и стратегии лечениа, вакцинациа и даљње перспективе. Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случајеви COVID-19: стратегије респираторне превенције и лечења, вакцинација и пут напред.Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случајеви COVID-19: стратегије за респираторну превенцију и лечење, вакцинација и пут напред. Експерт Реверенд Респире. медицина. 15(8), 993–1002 (2021).
Мулиу, ДС, Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза COVID-19 у одељењу хитне помоћи: Видети дрво, а изгубити шуму. Мулиу, ДС, Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза COVID-19 у одељењу хитне помоћи: Видети дрво, а изгубити шуму.Мулиу, ДС, Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза COVID-19 у одељењу хитне помоћи: Видите дрво, изгубите шуму.Мулиу ДС, Јоанис П. и Константинос Г. Дијагноза COVID-19 у хитним службама: Нема довољно шуме за дрвеће. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дељи-Анђели, Е. и др. Валидација и валидација аналитичких и клиничких перформанси Abbott RealTime SARS-CoV-2 теста. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Молеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунјан, Б. Поређење пет сетова прајмера из различитих региона генома COVID-19 за детекцију вирусне инфекције конвенционалном RT-PCR методом. Молеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунјан, Б. Поређење пет сетова прајмера из различитих региона генома COVID-19 за детекцију вирусне инфекције конвенционалном RT-PCR.Молаеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунјан, Б. Поређење пет сетова прајмера из различитих региона генома COVID-19 за детекцију вирусне инфекције конвенционалном RT-PCR. Моллаеи, ХР, Афсхар, АА, Калантар-Неиестанаки, Д., Фазлалипоур, М. & Афлатоониан, Б. 比较来自ЦОВИД-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规РТ-ПЦР 检测病毒感染。 Молеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунјан, Б. Поређење 5 различитих генетских региона COVID-19 за детекцију вирусне инфекције конвенционалном RT-PCR.Молаеи ХР, Афшар АА, Калантар-Нејестанаки Д, Фазлалипур М. и Афлатунјан Б. Поређење пет комплета прајмера из различитих региона генома COVID-19 за детекцију вирусне инфекције конвенционалном RT-PCR.Иран. Ј. Микробиологија. 12(3), 185 (2020).
Герцер, И. и др. Прелиминарни резултати националног програма екстерне процене квалитета за детекцију секвенци генома SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ванг, М. и др. Аналитичка евалуација ефикасности пет RT-PCR комплета за тешки акутни респираторни синдром изазван коронавирусом 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Ванг Б. и др. Евалуација седам комерцијално доступних комплета за детекцију РНК SARS-CoV-2 у Кини на основу ланчане реакције полимеразе (PCR) у реалном времену. клиничка. хемијска. лабораторијска. медицина. 58(9), e149–e153 (2020).
ван Кастерен, П.Б. и др. Поређење седам комерцијалних RT-PCR дијагностичких комплета за COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Лу, Ју и др. Поређење дијагностичких перформанси два PCR комплета за детекцију нуклеинских киселина SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Лефарт, ПР, итд. Компаративна студија четири платформе за тестирање амплификације нуклеинских киселина (NAAT) SARS-CoV-2 показала је да су перформансе ID NOW значајно деградиране у зависности од пацијента и врсте узорка. дијагноза. микробиологија. Infect. дис. 99(1), 115200 (2021).
Абот молекул. Аботов уложак за анализу SARS-CoV-2 у реалном времену. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Закључно са 10. августом 2020.) (2020).
Клајн, С. и др. Изолација РНК SARS-CoV-2 коришћењем магнетних перли за брзу детекцију великих размера помоћу RT-qPCR и RT-LAMP. Вирус 12(8), 863 (2020).
Време објаве: 08.12.2022.
Подешавања приватности